時に、2015年。 　　使徒襲来が激化する、第3新東京市。 　　ニコニコ動画に新曲をアップロードする三人の少女の姿があった。 　　石井ハルカ、谷口イズミ、松沢アヤコ。 　　ニコ生で活動する、市立第壱中学校二年生の三人は、音楽ユニット「いんぱくつ。」 　　として活動していたが、使徒の襲来に備えてアヤコが疎開する事となり、新曲「センチメンタルな予感」を最後に、解散する事になっていた。 　　それぞれの道を進むことになるハルカ、イズミ、アヤコ。 　　残されたハルカは、イズミに「ある提案」をする。 　　そして第3新東京市には、再び使徒が来襲しようとしていた……。